Действие происходит в 2072 году, когда главный герой — безымянный хакер — был пойман при попытке получить доступ к файлам, касающимся станции Citadel, космической станции, принадлежащей корпорации TriOptimum. Хакера доставляют на станцию Citadel и приводят к Эдварду Диего, руководителю TriOptimum. Диего предлагает снять все обвинения с хакера в обмен на конфиденциальный взлом SHODAN, искусственного интеллекта, управляющего станцией. Диего тайно планирует украсть экспериментальный мутагенный вирус, который тестируется на станции Citadel, и продать его на черном рынке в качестве биологического оружия. Чтобы заручиться сотрудничеством, Диего обещает хакеру ценный нейронный имплантат военного класса. После взлома SHODAN, устранения этических ограничений ИИ и передачи контроля Диего, главный герой проходит операцию по имплантации обещанного нейронного интерфейса. После операции хакер впадает в шестимесячную восстановительную кому.

Игра начинается с того, что главный герой выходит из комы и обнаруживает, что ШОДАН захватил станцию. Все роботы на борту были перепрограммированы на враждебность, а экипаж либо мутировал, превратился в киборгов, либо был убит.